生态果园是一个结构合理的开放性有机整体，设计和建设生态果园需要遵循以下几个基本原则：
系统论原理 生态果园实质上是一个人工生态系统，它是生物有机体（植物、动物、微生物）与其生存的大自然环境相互作用或潜在的相互作用所形成的统一体，是由生产者、消费者和分解者及其构成的生物链所形成的网络，其最基本的特点是结构的有序性、系统的整体性和功能的综合性。一个完整的生态系统，其生物链是健全的。但常规果园主要以生产者（果树）为主，常常缺乏消费者（动物）和分解者（微生物），或消费者和分解者的功能弱化，结构不完善，生物链不能很好地衔接起来，致使果园系统的生态功能不能正常发挥，效益不能正常表达，可持续性受到影响。建设生态果园就要通过一定措施，构建成分多样、功能健全、结构完整的一个生态系统。
食物链原理在自然生系统中，一般食物链层次多而长，并组成了食物链的网络。而在果园生态系统中，食物链往往短而简单，这不仅不利于能量转化和物质的有效利用，也降低了生态系统的稳定性。为此，建设生态果园要根据食物链原理组建食物链，将各营养级上因食物选择所废弃的物质作为营养源，通过混合食物链中的相应微生物进一步转化利用，使生物能的有效利用率得到提高。比如，以果牧结合为核心，将第一性生产与第二性生产有机统一起来，并通过食性选择，引入牧草和动物，使食物链加环，使生物能多层次利用，经济效益提高。
互相作用原理 生态果园是多种成分相互联系、相互制约、互为因果而综合形成的统一有机整体，每一成分的表现、行为、功能及其大小都或多或少受到其他成分的影响。在生态果园建设中，应利用各种生物种群的相生相克原理，组建合理高效的复合系统（如立体种植、混合养殖），在有限的空间和时间内容纳更多的生物钟，生产更多的产品。在物种搭配时，除了考虑光能利用、养分和水分需求等因素外，还应注意生物的他感作用，充分利用共生相克关系，调整有益和有害生物种群结构及比例，使不同种群形成互利共生或相互制约的关系，增强果园系统的自我调节能力和稳定性。同时，注意利用生物种间的相克关系控制果园病虫草害。
